Trui is een zeer oude botter uit 1875. Regelmatig onderhoud is dan ook nodig. Naast het standaard jaarlijkse onderhoud, dienen ook alle houten delen van Trui om de zoveel tijd vervangen te worden: eikenhout gaat immers niet veel langer dan een jaar of 40 mee. Dit gebeurd vaak tijdens grote restauraties waarbij in een keer meerdere delen van Trui worden vervangen.

Doelstelling bij de restauraties is altijd om het schip in een zo authentiek mogelijke staat te brengen of te houden. Veelal wordt getracht om de restauraties niet uit te besteden aan een scheepswerf, maar zoveel mogelijk in eigen beheer (al dan niet met hulp van een scheepstimmerman) uit te voeren, zodat de kennis behouden blijft.

Naast de grote restauraties wordt de boot ook jaarlijks in het winterseizoen onderhouden. Trui vaart van maart tot november, van december tot februari vind dan ook het jaarlijks onderhoud plaats. Trui wordt dan in de Oude Museumhaven van Rotterdam neergelegd, in verband met de kortere reisafstand tot Delft, waar de meeste klussers wonen. Deze klussers zijn overigens dezelfde mensen als zij die in het vaarseizoen enthousiast met Trui varen, vrijwel allen studenten.

Elk weekend tijdens het klusseizoen wordt er zaterdag en zondag geklust. Al het houtwerk wordt dan kaal gekrabd en vervolgens weer ingesmeerd met lijnolie en harpuys. Ook gaat Trui in Rotterdam een week op de helling: dan wordt het volledige onderwaterschip onder handen genomen. Ook worden dan de slechte naden tussen de huiddelen weer opnieuw gebreeuwd. Daarnaast wordt in het klusseizoen de motor onderhouden, de zeilen gerepareerd en getaand en de bakskisten en kastjes in het vooronder opnieuw gelakt. Dit alles gebeurd in eigen beheer. Alle specifieke vaardigheden worden elk jaar weer doorgegeven aan nieuwe enthousiastelingen.